Có thể phân loại kính hiển vi sinh học thành bốn nhóm.
Kính hiển vi sinh học đồ chơi: Đây là loại được bán trong các cửa hàng đồ chơi và những nơi khác không chuyên về kính hiển vi. Bạn có thể dễ dàng xác định loại này, vì nó thường kèm nhiều phụ kiện, chẳng hạn như lam kính, ống hút nhựa, nhíp vv và bởi vì một trong số chúng được quảng cáo với độ phóng đại cao một cách khá ngớ ngẩn (750x và nhiều hơn nữa). Có một sự đồng thuận trong cộng đồng kính hiển vi là nên tránh kính hiển vi sinh học thuộc loại này, bởi vì khi so sánh giữa giá và hiệu năng sử dụng của nó thì không tương xứng với nhau. Các kính hiển vi này không có vật kính sản xuất theo tiêu chuẩn DIN 160mm. Độ phân giải thấp, rất khó tập trung hình ảnh (vì các bộ phận bằng nhựa), vùng quan sát nhỏ, độ sáng thấp. Nhiều người vẫn mua loại kính hiển vi này, bởi vì đơn giản là họ không biết nơi nào khác để mua kính hiển vi.
Kính hiển vi sinh học dùng cho giáo dục và học sinh: kính hiển vi giáo dục là loại kính hiển vi nhỏ, có thể xách tay và di chuyển dễ dàng. Loại này thường có một thị kính 10x và ba vật kính tiêu sắc nền sáng (4x, 10x và 40x). Bóng đèn của kính là loại halogen hoặc đèn LED, một số hoạt động bằng pin, có thể sử dụng trong một lớp học mà không cần nguồn cung cấp năng lượng. Nhiều người sử dụng kính hiển vi nghiệp dư sử dụng loại kính này và khá hài lòng. Bạn không nên nhầm lẫn giữa kính hiển vi sinh học dùng cho giáo dục và học sinh với kính hiển vi đồ chơi vì có thể phần mô tả hai loại này khá giống nhau. Kính hiển vi dùng cho giáo dục và học sinh sử dụng các vật kính chuẩn DIN và cấu tạo phần khung bằng kim loại. Thậm chí một số kính có tụ quang với một màng chắn sáng để điều khiển độ phân giải, độ tương phản và độ sâu trường quan sát.
 |
| Kính hiển vi sinh học dùng cho giáo dục và học sinh loại sử dụng pin mặt trời |
Kính hiển vi sinh học thông thường và phòng thí nghiệm: đây là loại lớn hơn và nặng hơn một chút so với kính hiển vi học sinh. Sự chuyển tiếp giữa kính hiển vi học sinh và kính hiển vi phòng thí nghiệm có phần không rõ ràng, bởi vì chỉ có phần khung của kính tương tự nhau còn các phần gắn vào thì khác nhau. Các kính hiển vi sinh học loại này có tụ quang, thường là đèn chiếu sáng Köhler, một bàn sa trượt cơ khí, và một mâm gắn vật kính dạng xoay có thể gắn bốn đến năm vật kính. Phần chân đế càng lớn thì bóng đèn càng mạnh. Nhiều kính hiển vi sinh học thông thường được trang bị đầu hai mắt để việc quan sát lâu dài được dễ dàng hơn.
 |
| Kính hiển vi sinh học thông thường và phòng thí nghiệm |
Kính hiển vi sinh học nghiên cứu: đây là loại khá lớn, không di động, rất mắc tiền, và thuộc dạng lắp ghép. Một số có nhiều vật kính khác nhau và các bộ lọc kèm theo đó có thể dễ dàng trao đổi. Thường thì các nhóm nghiên cứu khác nhau chia sẻ cùng một kính hiển vi sinh học, do đó thiết bị cần phải được nhanh chóng thích nghi.
 |
| Kính hiển vi sinh học nghiên cứu |