Bộ kết nối kính hiển vi với máy vi tính có thể gắn thông qua mắt thứ ba ở kính hiển vi ba mắt, hoặc một trong hai mắt ( kính hiển vi hai mắt ), tùy theo độ phân giải mà mức giá của bộ kết nối này có thể khác nhau. Khi kết nối với máy tính cần một phần mềm chuyên dụng để chuyển hình ảnh từ kính hiển vi lên màn hình máy vi tính. Các hệ điều hành tương thích với phần mềm bao gồm windows xp, vista, 7, 8.
Bạn có thể chụp lại hình ảnh quan sát và lưu trong ổ đĩa máy tính với nhiều định dạng khác nhau như .jpg, .png, .bmp. Phần mềm cũng cho phép bạn chỉnh cân bằng màu sắc hoặc đo kích thước của vật thể trong hình ảnh. Để đo kích thước bạn cần sử dụng một thước hiệu chuẩn thường đi kèm theo bộ kết nối.
Kết nối giữa bộ kết nối và máy tính thông qua một dây cáp chuyên dụng có khả năng gắn vào cổng USB. ( Xem thêm: Cách kết nối kính hiển vi với máy vi tính )
Bộ kết nối kính hiển vi và máy vi tính này rất dễ dàng khi gắn vào bất kỳ kính hiển vi sinh học hoặc soi nổi nào thông qua một bộ chuyển đổi C-mount. Ngoài ra,tùy loại kính hiển vi cần lựa chọn thêm adapter thích hợp.