Kính hiển vi sinh học ba mắt là kính hiển vi sinh học ngoài hai thị kính thông thường còn kèm theo một mắt thứ ba dùng cho kết nối camera, máy ảnh...
Kính hiển vi sinh học ba mắt có thể sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau. Chẳng hạn như cho phép một người thứ hai quan sát mẫu cùng lúc với người sử dụng chính. Điều này rất có ý nghĩa khi giáo viên có thể nhìn thấy mẫu mà sinh viên quan sát được để trả lời câu hỏi, hoặc kiểm tra độ chính xác khi sinh viên quan sát. Thêm vào đó, giáo viên có thể mời sinh viên chia sẻ những quan sát về các mẫu thú vị hoặc mô hình hóa cách điều chỉnh tiêu cự. Điều này làm tăng khả năng hướng dẫn hơn khi mà một người phải ngừng quan sát để nhường cho người khác quan sát.
Một mục đích khác nữa của kính hiển vi sinh học ba mắt là nó cho phép sử dụng công nghệ để lưu giữ hình ảnh quan sát qua kính hiển vi bằng cách ghi lại hoặc chụp lại. Một camera kỹ thuật số hoặc video camera có thể kết nối với mắt thứ ba, được thiết kế giống như một cổng - port dùng cho mục đích đặc biệt này. Việc quan sát thông qua camera kỹ thuật số hoặc dùng camera để kết nối với máy tính giúp cho người sử dụng có thể quan sát lâu hơn thay vì phải cúi xuống để quan sát qua kính hiển vi, chia sẻ những hình ảnh quan sát được với những người có mặt trong phòng, hoặc thậm chí có thể chia sẻ hình ảnh thông qua videochat hoặc các công cụ khác.